О недостатках сетного метода весьма определенно высказывается Гюитфельд-Коос. Один недостаток автор видит в уменьшении фильтрационной способности сети ввиду засорения ячей шелкового сита организмами.
Это уменьшение фильтрационной способности сети тем больше, чем продолжительнее лов и чем ближе к поверхности он производится, особенно же сильно оно проявляется там, где планктон состоит преимущественно из водорослей. Другой недостаток сети Апштейна и других сетей с малым входным отверстием автор усматривает в том, что более крупные и быстро плавающие организмы, как Bythotrephes, Leptodora и, вероятно, Heterocope saliens, улавливаются в значительно меньшем количестве, чем прочие, менее подвижные организмы, ибо они в состоянии броситься в сторону от сети во время ее тяги.
И все же, несмотря на этот недостаток, автор считает сеть Апштейна очень хорошим орудием для сравнительных целей, когда сравниваются состав и содержание планктона различных озер между собой. Хотя эти определения планктона имеют только относительную ценность, они, по мнению автора, могут дать удовлетворительные результаты для понимания этих соотношений.
На весьма существенный недостаток сети как орудия лова указывает Ломан. Он считает, что сетка дает неправильную картину состава планктона в море, так как не удерживает мельчайших представителей планктона, которые играют важную роль в питании крылоногих моллюсков, сальп, аппендикулярий. Сюда относятся большие количества простейших: перидиней, хризофитовых, криптофитовых, корненожек и др. Состав сетного улова в общем существенно отличается от состава планктона исследуемого столба воды. На рис. 1 дается схематическое изображение уклонения сетного планктона от всей популяции планктона или от так называемого Vollplankton.
О величине потери можно судить только по результатам количественного сравнения содержимого сетки с количеством планктона, собранного из той же массы воды, в то же время и на том же месте, но более совершенным методом, например центрифужным, насосным или методом фильтрации через более плотные фильтры. Величина этой потери не является постоянной, она очень изменчива и зависит от количества и характера присутствующего в море планктона: она различна для разных категорий организмов, для разных размерных групп, она меняется по мере того как сетка проходит различные слои с глубины к поверхности, она меньше при наличии в воде больших количеств Chaetoceros, которые осаждаются на стенках сетки, уменьшая величину ее ячей.
На потерю при сетных ловах, кроме большой величины ячей шелкового сита, влияют застревание организмов на стенках сита, сетки и стакана, сопротивление сетки, оказываемое той воде, которая находится перед отверстием сетки, из-за чего более активные организмы уклоняются от образующегося тока воды и не улавливаются.